Защитената зона „Никополско плато“ е обявена по Директива 92/43/ЕЕС за опазване на природните местообитания и на дивата флора и фауна. Територията обхваща 18503.18 ha. Представлява карстово плато с дебел пласт от льос, множество пещери и елементи от степна растителност. Част от него е обрасла с широколистни гори, а друга част е заета с обработваеми земи – ниви и лозя. Скалните откоси на платото и труднодостъпните стръмни дерета осигуряват безопасни местообитания за размножаване на много птици. Зоната е с голямо значение за опазване на местообитание 6250 Панонски льосови степи и видовете лалугер, Spermophylus citellus и Testudo hermanii.

Видове, опазвани в защитена зона „Никополско плато“

В стандартния формуляр са включени 17 вида бозайници, 6 вида риби, 6 вида безгръбначни, 4 вида земноводни, 4 вида влечуги като целеви за опазване. Част от тях са червенокоремна бумка (Bombina bombina), широкоух прилеп (Barbastella barbastellus), Дългопръст нощник (Myotis capaccinii), остроух нищник (Myotis blythii), трицветен нощник (Myotis emarginatus), голям дъбов сечко (Cerambyx cerdo), видра (Lutra lutra), степенен пор (Mustela eversmanii) и много други.

Основни целеви местообитания, опазвани в защитена зона „Никополско плато“

Територията обхваща 11 типа природни местообитания. Някои от тях са:

1530* Панонски солени степи и блата: характерни са за места с континентален климат със засушаване през лятото. Включват блата и езера, крайречни низини, засолени степи. В естествени условия засоляването е процесът, при който след изпарение на водите, останали след пролетните разливи по крайречните територии в почвата се натрупват неорганични соли. Тук се срещат халофити (растения, срещащи се на засолени почви) са разперен изворник (Puccinellia distans), морска суеда (Suaeda maritima), сантонинов пелин (Artemisia santonicum) и други.

6110* Отворени калцифилни или базифилни тревни съобщества от Alysso-Sedion albi: върху излужени варовикови или алкални почви растат мозайки от лишеи, мъхове, едногодишни пролетни растения и сукуленти. Често срещани сред тях са тлъстигите – бяла (Sedum album), лютива (S. acre) и испанска (Sedum hispanicum). Това са растения, които нямат нужда от много вода. Заемат малки площи из цялата страна, като често образуват съобщества с топлолюбиви гори, съставени най-вече от космат дъб (Quercus pubescens), бял ясен (Fraxinus ornus), келяв габър (Carpinus orientalis) и обикновена драка (Paliurus spina-christi). Характерни са за ниските карстови райони като ниските планини на Западна България, каньоните в Дунавската равнина, суходолията на Лудогорието и Предбалкана.

6240 * Субпанонски степни тревни съобщества: степи, които са разположени по брега на Дунав. Рядко срещани, заедно с черноморските и средизеноморските степи те са едни от изчезващите в наши дни хабитати. Характерни са за Северна България – Дунавската равнина, Предбалкана, а в Западна България разпространението им е ограничено.

6250* Панонски льосови степни тревни съобщества: местообитания върху льосови хълмове, основно покрити от житни тревни пасища и степи. Дебелината на льосовия слой е между 30 и 50 m. Покрит е с черноземни почви. Върху чернозема доминират белизма (Dichanthium ischaemum), тирзово коило (Stipa tirsa) и черна садина (Chrysopogon gryllus). На местата с разкритие на льос има съобщества на полегнала метла (Kochia prostrata), полски пелин (Artemisia campestris), гребеновиден житняк (Agropyron cristatum) и влаконовидно коило (Stipa capillata).

6430 Хидрофилни съобщества от високи треви в равнините и в планинския до алпийския пояс: срещат се на богати почви в цялата страна. Включват растителни съобщества по дунавския бряг.

6510 Низинни сенокосни ливади: най-често срещани са житните растения. Такива ливади се срещат в цялата страна от 700 до 1200 m н. в. Най-добре са представени в западните части на България и Тракийската низина. Предпочитат средно влажни почви. въздействие влияе отрицателно върху видовото разнообразие и състава на почвите. Тези местообитания се косят след вегетативния сезон, а активната паша оказва своето негативно влияние върху почвата, като я обеднява и изсушава.

8210 Хазмофитна растителност по варовикови скални склонове: състои се от растителни видове, развиващи се по скалните пукнатини. Тези хабитати може да бъдат открити по варовиковите отвесни скали на планините и предпланините в Лудогорието, Пирин, Предбалкана, Стара планина и Славянка. Отличават се с многообразие от местни видове и ендемити.

8310 Неблагоустроени пещери: животинският свят е представен предимно от безгръбначни животни. Въпреки неблагоприятните условия в пещерите често богати на фауна – твърдокрили насекоми (Carabidae), водни охлюви (Hydrobiidae), ендемични и реликтни ракообразни (Isopoda, Amphipoda, Syncarida, Copepoda) и т.н. Неблагоустроените пещери са важни убежища за прилепите. В тях те хибернират (прекарват своя зимен сън) или отглеждат своите малки.

91E0* Алувиални гори с Alnus glutinosa и Fraxinus excelsior (Alno-Pandion, Alnion incanae, Salicion albae): разпространени са край река Дунав. Растат на богати почви и сезонно се наводняват от реките. Тук преобладават видове като бялата върба (Salix alba), бялата топола (Populus alba) и черната топола (Populus nigra).

9180* Смесени гори от съюза Tilio-Acerion върху сипеи и стръмни склонове: вторични гори от смесен тип. Развиват се по стръмни склонове и сипеи на варовикови почви и по – рядко на силикатни. Най-често срещани растителнио видове са явор (Acer pseudoplatanus), планински ясен (Fraxinus excelsior), обикновен бук (Fagus sylvatica) и дребнолистна липа (Tilia cordata).

91F0 Крайречни смесени гори от Quercus robur, Ulmus laevis и Fraxinus excelsior или Fraxinus angustifolia покрай големи реки (Ulmenion minoris): смесени широколистни гори, състоящи се главно от обикновен дъб (Quercus robur), бял бряст (Ulmus laevis) и планински ясен (Fraxinus excelsior) или полски ясен (Fraxinus angustifolia). Според доминиращия вид, горите се делят на три типа: лонгозни гори (по бреговете на черноморски притоци), влажни низинни дъбови гори и тракийски гори от Quercus pedunculiflora. Доминиращият вид зависи от водния режим – дали почвата изсъхва между заливанията или остава постоянно влажна. Характерни за бреговете на черноморските реки, отличаващи се с по-мек климат. Срещат се все още и малки, откъснати горски масиви в Тракийската и Тунджанската низина и Дунавската равнина.

91H0* Панонски гори с Quercus pubescens: дъбови гори, способни да издържат на засушавания, с главен представител космат дъб (Quercus pubescens). Тези гори са разредени и често се развиват върху сухи места с плитки почви на варовикова основа. Богати са на видове, някои от които сухолюбиви растения от сухи и топли пасища. Поради човешкото влияние и континенталните условия, тези местообитания са разпокъсани.

91Z0 Мизийски гори от сребролистна липа: обичайни са за континенталните площи на Северна България – Лудогорието и Дунавската равнина. Горите от сребролистна липа (Tilia tomentosa) виреят по хълмистите равнини и предпланините. Често в тях се срещат  и други топлолюбиви и умерено топлолюбиви видове като кукуряк (Helleborus odorus), обикновено птиче грозде (Ligustrum vulgare), обикновен синчец (Scilla bifolia) и обикновена клокочка (Staphylea pinnata). Росен (Dictamnus albus), пурпурен салеп (Orchis purpurea), испански кокеш (Scorzonera hispanica), мъждрян (Fraxinus ornus), скоруша (Sorbus domestica), мека медуница (Pulmonaria mollis) и влакнеста теменуга (Viola hirta) са част от срещащите се видове в тези местообитания.